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实验小Tip | RNA A260/230低不敢用于下游实验？
发布时间：
2024-10-15
师兄，实验是一直这样难吗？还是只有现在如此
上午不是还看你兴致勃勃的提RNA呢，怎么这会跟霜打的茄子一样。
就是这个RNA，真磨人啊！提出来A260/230比值就是小于1.8，一上午都白干了。
淡定淡定，A260/230比值小于1.8也不代表下游实验不能做了。
啊，你是说或许我的RNA还能用？可是之前不都说必须要大于1.8才可以的嘛。
是的，莫着急，莫慌张，你听我仔细跟你讲。
01.A260/230意义
若比值小于1.8表明样品被碳水化合物（糖类）、盐类或有机溶剂污染，需要纯化样品。 当 260/230<1 时，通常只有两种情况。一是胍盐污染，二是蛋白污染。
02.A260/230比值异常的原因
理性讨论A260/230
1.样本起始量低对A260/A230比值的影响
A260/A230比值低也可能是由于RNA提取过程中起始量低，导致提取后RNA样品浓度低。与标准起始量要求相比，较小的样品量可能导致较低的A260/A230比值，低起始量样本，特别是对于0.5mg样品，A260 / A230比值（表1）比较低。
表1. 不同起始量样本对A260 / A230比值的影响
这也间接表明了当RNA浓度很高的时候，痕量的污染物对RNA的A260/A230比值几乎没有影响，但如果RNA浓度低，这些污染物将会对RNA比值产生重大影响。
2. 样本质量评估应结合下游实验
图1. 胍盐浓度对A260 / A230比值和RT-PCR的影响。
3.A260/A230比值低并不影响下游实验
为了验证以上，Qiagen对A260/230比值低的样本进行RT-qPCR反应，在结果中未观察到任何影响或抑制（图2A），均有正常的扩增（图2B）和熔解曲线（图2C）。虽然这种分析是利用RT-qPCR进行的，但类似的结论适用于microarray和其他依赖cDNA合成作为第一步的应用。
图2. 用SYBR Green RT-PCR方法检测mir-16。
应用
这么多研究表明A260/230低于标准值还可进行下游实验，这是所有的情况都适用的吗？
nonono，还有隐藏条件 ，对于符合下述要求的可尝试进行下游实验。
要达到RNA完整性好，不残留gDNA,1.8＜A260/280＜2.2
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