没有任何一种内参基因在所有的物种、不同发育阶段、不同组织中表达都是恒定的，这就需要我们根据自己的试验样本及类型选择最合适的内参基因。

理想中的内参基因一般满足以下几个条件：

1、内参基因的表达水平充沛，但不能与目的基因表达水平差异过大

2、在不同类型的细胞或组织中均能稳定表达

3、其表达不受内源性或者外源性因素的影响

4、不存在假基因，以避免基因组DNA的污染扩增

常见的几种内参基因包括：GAPDH、β-actin、18S rRNA、28S rRNA以及tubulin，但这些内参基因也不完全适用于所有的情况。例如18S rRNA作内参基因有时也不理想，18S rRNA表达丰度较高，若目的基因表达丰度低，定量结果准确性难以保证。另一方面18S rRNA在有丝分裂期间表达量明显降低或停止，容易受生物因素的影响。

如果与前人研究的物种相同，可以直接利用已发表的文献中的内参基因作为候选；如果此物种内参基因在已发表的文献中没有被记录，则要选择常见的管家基因或基于RNA测序/基因芯片筛选得到的表达量保守的基因进行内参基因的筛选与验证。

现在，一些内参基因数据库也被逐步完善，北京基因组所生命与健康大数据中心开发了国际上首个实时定量PCR内参基因知识库——ICG（http://icg.big.ac.cn/index.php/Main_Page）。geNorm、NormFinder和BestKeeper 软件也可以用来评估内参基因稳定性。