蛋白Marker是由一系列已知分子量的蛋白质组成的标准参照物，广泛应用于蛋白质电泳分析中。在电泳过程中，这些蛋白质依据其分子量大小及电荷特性在电场作用下发生差异迁移，进而在凝胶基质上形成具有特定迁移率的条带图谱。通过与这些标准参照条带的迁移位置进行比对，可实现对目标蛋白分子量的准确定量分析。

• 非预染蛋白Marker

  非预染蛋白Marker是由一组经过精确纯化且分子量已知的蛋白质组成的混合溶液。

  由于这些蛋白质未与染料或标记分子结合，其迁移行为完全反映蛋白质本身的分子量特性，因此能够为待测蛋白提供准确的分子量参照，尤其适用于不同分子量蛋白质的精确比较分析。

  然而，其局限性在于电泳过程中无法实时观察Marker的迁移情况，需在电泳结束后通过蛋白质染色（如考马斯亮蓝染色或银染）才能对蛋白质条带进行定位和分析。

• 预染蛋白Marker

  预染蛋白Marker是由一组纯化的已知分子量蛋白质与染料分子通过共价耦联制备而成的混合溶液。

  预染蛋白Marker的优势在于电泳过程中或转膜时可实时观察条带迁移，便于监测电泳进程和评估转膜效率，从而显著提高实验操作的便捷性。

  然而，由于染料分子的共价结合可能在不同缓冲条件下影响蛋白质的迁移行为，导致其电泳迁移特性发生一定程度的偏差。

  因此，预染蛋白Marker主要用于实时监控和相对分子量的估算，而不适用于蛋白质分子量的精确定位分析，其条带仅代表蛋白质的相对大小而非绝对分子量。
  

• 除了以上介绍的两种，市面上还有一些其他类型的蛋白Marker：如荧光蛋白Marker、生物素化Marker、显影蛋白Marker等。按照分子量来分的话，又可以分为高分子量、低分子量、宽分子量几类。

蛋白Marker在蛋白质研究中具有关键作用，能够帮助科研人员有效监控实验条件并提升数据可靠性。以下简要概述其在相关实验中的应用。

• 蛋白质电泳分析

  在SDS-PAGE电泳过程中，蛋白Marker用于监测蛋白质分离效果，通过与待测蛋白质条带的迁移率对比，可以快速准确地鉴定蛋白质的分子量。

• Western Blot实验

  蛋白Marker可用于评估转膜效率和验证目的蛋白分子量。在转膜过程中，预染蛋白Marker的条带清晰可见，可以直观地判断转膜是否成功。

• 蛋白质纯化与表达检测

  在蛋白质纯化过程中，蛋白Marker可用于监测纯化步骤中蛋白质的分子量和纯度，确保纯化过程的顺利进行。同时，还可以用于检测蛋白质表达水平，通过比较不同样品中目标蛋白质条带的强度，评估蛋白质的表达量。

• 基因克隆与突变验证

  通过对比野生型与突变型蛋白质的分子量，可以判断基因克隆和突变是否成功。

实验时，要根据自己的实验目的和应用场景来选择适合实验的蛋白Marker，再综合其他因素（分子量范围、条带的准确性、价格方面、使用是否方便等），比如：

（1）如果只需要电泳后观察蛋白条带大小，就可以用非预染蛋白Marker，价格便宜且条带大小准确。

（2）根据目的蛋白分子量的大小，选择合适的分子量的Marker。检测大分子量蛋白经常使用到高分子量范围Marker，检测小蛋白甚至是一些多肽常会用到小分子量范围Marker。

（3）如果要区分大小相近的蛋白条带，不建议单独使用预染Marker。可以将预染Marker和未染色的Marker一起使用。

（4）在进行WB实验时，选用预染蛋白Marker能够直观地指示电泳进程和转膜效果，便于实时监控实验进展。

总而言之，在蛋白实验过程中，分子量Marker就像个螺丝钉一样，虽然只是其中小小的一个环节，却对实验结果有着不可忽视的影响。因此，选择正确的蛋白Marker也是实验成功的关键步骤之一。