逆转录实验的常见问题,你找到答案了吗?




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逆转录(reverse transcription)是指以RNA为模板指导合成DNA的遗传信息传递过程。该过程与常规转录(DNA→RNA)方向相反,实现了从RNA到DNA的逆向遗传信息流动,故得名逆转录。





为什么要进行逆转录

环境中存在大量的RNA酶,能够降解RNA,因此,RNA极不稳定。而RNA逆转录成的cDNA稳定性强,适合下游实验。所以在进行RNA的PCR实验时,可先将其逆转录成cDNA,再以cDNA为模板进行PCR。


逆转录实验虽然很简单,

但是也会遇到各种各样的问题。

小伙伴们,

你们遇到的难题是否都解决了呢?

小优在这里总结了逆转录实验的常见问题,

希望对您有所帮助!










常见问题解析


Q&A时刻 助力轻松实验





01


如何选择逆转录引物

根据实验目的,逆转录引物可以从Oligo dT、随机引物(Random hexamers)和基因特异性引物(GSP)中进行选择。

(1)Oligo dT

Oligo dT与mRNA的Poly(A)尾巴可以发生特异性结合,因此主要用于逆转录带有Poly(A)尾巴的RNA,例如真核生物来源的mRNA。此外,一般情况下Oligo dT也是长链及全长RNA的逆转录引物的首选。

(2)随机引物(Random hexamers)

随机引物的灵活性强,因此可用于目的片段在mRNA、rRNA、tRNA等各种RNA上的逆转录。同时,针对GC含量较高、具有复杂二级结构或来源为原核生物的目的片段RNA也同样适用。

3)基因特异性引物(GSP)

基因特异性引物是根据目标RNA的已知序列进行设计的,由于引物和RNA序列特异性结合,在使用基因特异性引物时,不能进行其他基因的检测,通常特异性引物用于一步RT-qPCR实验中。

(4)Random+Oligo dT 引物组合

Random+Oligo dT Primer组合适用于各种RNA的表达量分析,能够提升反应检测的灵敏度,更适用于荧光定量PCR前的逆转录反应。优基生物荧光定量前逆转录产品Q1004A及Q1005A中,逆转录引物均为Random+Oligo dT Primer组合。

02


如何判断逆转录是否成功

内参法:理论上,逆转录的产物是长度不同的DNA片段,因此电泳条带是均匀分布的。若逆转录所得cDNA丰度低,不足以进行琼脂糖凝胶电泳检测,则可通过PCR扩增内参基因对其进行验证,若有目标产物,则说明被检验的cDNA质量基本合格。但需注意,使用内参法对cDNA进行验证时,由于内参基因在cDNA中丰度高,因此极其容易被扩增,这会导致当cDNA若因某些原因部分降解后,大大影响低丰度的目的基因的PCR结果,而内参基因是高丰度基因,其扩增很可能不受影响,从而出现假阳性结果。

已知基因扩增法:如果有已知以此模板扩出来的基因,可以用此基因的引物验证。

03


逆转录后的产物可以测浓度吗

不建议测浓度。

逆转录后的产物是一个混合体系,有cDNA、未完全逆转录的RNA、dNTPs、残余的引物以及各种蛋白和盐离子等成分,会干扰cDNA的吸光度,因此不建议用逆转录后的cDNA来检测浓度与纯度。

04


逆转录产物中存在gDNA对后续实验有什么影响

当cDNA产物中混有gDNA时,cDNA和gDNA在qPCR反应时会被同时扩增,无法区分荧光信号是来自于cDNA还是gDNA,因此定量结果可能会存在偏差。特别是低表达量的基因,本身的扩增信号低,Ct值大,更加容易受到gDNA污染的影响。

在逆转录的时候,加一步gDNA去除的步骤,能够有效的降低gDNA污染的影响,增加实验的可信度。

05


如何提高RT-PCR反应的灵敏度与特异性

首先要保证RNA模板完整性及纯度都要高;

进行逆转录时加入适量的模板RNA,模板量太多会降低特异性,太少会导致扩增不出条带或条带太弱;

若模板中有二级结构,可通过提高逆转录反应温度来提高扩增效果。

06


逆转录后,(q)PCR的扩增产量低或者未扩增

检查RNA质量问题:RNA降解、纯度低或量不足。

需优化提取方法,减少反复冻融,使用RNase抑制剂,确保RNA完整性;按照说明书使用逆转录模板的推荐用量。

模板二级结构或GC含量高:

在逆转录前高温变性(65℃加热5min)或提高逆转录温度(如50℃),选择热稳定逆转录酶。优基生物GeniuScript Ⅳ Reverse Transcriptase(N1002A)可在50℃条件下对RNA完成高效的逆转录反应。


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